とりあえずMedia Encoderで
Premiereのプロジェクトを直接読み込むことに。
プロジェクトファイルをドラッグすることはできないけど
ファイルメニューからPremiere Proシーケンスを追加…
でPremiereからの書き出しと同じことが実現。
プロジェクトファイルを指定すると中のシーケンスが選べる。
ビンの中のシーケンスももちろん問題なし。
書き出しのパラメータもなんの制限も無く変更できる。
速度もファイルを直接読み込むよりかなり早い。
書き出しだけだったらこれでも問題ないかも。